Se encuentra en la región central del estado, en la zona montañosa conocida como la Sierra de Huayacocotla. Este municipio cuenta con una rica diversidad geográfica y cultural. Algunos aspectos destacados de Santa Ana Tlapacoyan incluyen su paisaje montañoso, ríos y la presencia de comunidades indígenas. La región es conocida por su belleza natural y es hogar de diversas especies de flora y fauna.